ขั้นตอนการปรุงยา เภสัชกรผู้ทำการปรุงยา จึงจำเป็นยึดตำรับยาที่จะปรุงหรือตามใบสั่งแพทย์เป็นหลักสำคัญ การปรุงยาต้องอาศัยตำรับยาที่จะทำการปรุงยาทุกครั้ง ตำรับนั้นๆ จะบอกชื่อตัวยาส่วนขาด วิธีใช้ และวิธีปรุงไว้ทุกขนาน เมื่อได้ใช้ตำรับยาเป็นหลักแล้ว ก็ควรพึงระลึกอยู่เสมอว่า การปรุงยาที่จะให้มีสรรพคุณดีนั้นควรปฏิบัติอย่างไร จึงจะได้ยามีสรรพคุณดี การปรุงยาให้มีสรรพคุณดี อาศัยหลักดังต่อไปนี้คือ
พิจารณาตัวยา ก็คือ หลักเภสัชวัตถุนั่นเอง การปรุงยานั้นตำราบอกไว้ให้ใช้ส่วนของพืช สัตว์ และธาตุ ก็ควรใช้อย่างนั้น เป็นต้นว่า
- พืชวัตถุ ให้ใช้เปลือก ราก หรือ ดอก ฯลฯ
- สัตว์วัตถุ ให้ใช่ส่วนใด เช่น กระดูก หนัง เขา ดี เลือด นอ งา ฯลฯ
- ธาตุวัตถุ ให้ใช้ดิบๆ หรือทำการสะตุ เสียก่อน เช่น สารหนู สารส้ม จุนสี กำมะถัน ฯลฯ
ดังนี้ ธาตุบางชนิด ควรทำการสะตุหรือผสมใด้เลย นอกจากทั้งพืช สัตว์ และธาตุควรใช้ ขิงสด ขิงแห้ง ลูกสมอไทยอ่อน ลูกสมอไทยแก่ ดังนี้เป็นต้น ตัวยาบางอย่างแปรสภาพ สรรพคุณก็เป็นอีกอย่างหนึ่ง ตัวยาบางอย่างมีฤทธิ์แรงจะเป็นอันตราย ต้องฆ่าเสียก่อน เช่น เมล็ดสลอด ยางสลัดได ฯลฯ ซึ่งวิธีฆ่า และแปรสภาพที่มีฤทธิ์จะได้กล่าวในตอนต่อไปฯลฯ ดังนี้เป็นต้น
พิจารณาสรรพคุณตัวยาแต่ละอย่าง ก็คือ หลักสรรพคุณเภสัช คือ ให้รู้จักรสของตัวยาเสียก่อนเมื่อทราบรสของตัวยาแล้ว รสจะแสดงให้รู้สรรพคุณได้ ถึงแม้ว่าตัวยาในโลกนี้จะมีมาก เสียจริง แต่รสของยานั้นกำหนดไว้เพียงจำนวนน้อย ดังได้บรรยายมาแล้วในตอนสรรพคุณเภสัช จึงจะไม่กล่าวให้ยืดยาวต่อไปรสหรือสรรพคุณของตัวยานั้น ถ้าจะทำการปรุงก็อย่าให้รสยาขัดกัน หรือตัวยารักษาโรคดีอยู่แล้วแต่เพิ่มตัวยาที่ฆ่าสรรพคุณยาขนานนี้เข้าไปทำให้ยาเสื่อมคุณภาพได้ เช่น หญ้ารางแดง รางจืด ตัวยาพวกนี้ถ้าเพิ่มเข้าไปทำให้รสและสรรพคุณสียไป ตัวยารสเค็ม ควรใช้ยารสอะไรผสมจึงจะมีสรรพคุณดี หรือตัวยาบางอย่างมีอันตรายควนใส่แต่น้อย หรือสะตุเสียก่อนเหล่านี้ แล้วแต่ความฉลาดของเภสัชกรผู้ทำการปรุงยานั้น
พิจารณาดูขนาดและปริมาณของตัวยา ขนาดของตัวยานั้นๆ ให้เอาปริมาณมากน้อยเท่าใดสิ่งละหนักเท่าไร โดยตำรับได้กำหนดลงไว้หนักสิ่งละ 1 สลึง หรือ 1 บาท ก็ควรพิจารณาว่าเหมาะสมหรือไม่ควรที่ผู้เป็นเภสัชกรพิจารณาดูให้รอบคอบก่อนจึงทำการปรุงยาเป็นต้นว่ายาขนานนี้มีตัวยาที่รสเผ็ดร้อนมากอยู่แล้ว ก็ยังเพิ่มเมล็ดพริกไทยเท่ายาทั้งหลาย จะสมควรหรือไม่ประการใด แล้วแต่เภสัชกรพิจารณาดูให้ดีทั้งน้ำหนัก ตัวยา ก็ชั่ง ตวง ให้ถูกต้อง
ความสะอาดและความละเอียดรอบคอบเภสัชกร การปรุงยาที่จะให้มีสรรพคุณดีนั้นจะปราศจากความสะอาดหาได้ไม่เป็นสิ่งสำคัญมาก การปรุงยา ตัวยาบางชนิดมีดินติดอยู่หรือพืชบางชนิดมีตัวหนอนติดอยู่หรือมดติดอยู่ในโพรงของรากยาก็เอามาบดโดยล้างไม่สะอาดใช่แต่เท่านั้นภาชนะในการปรงยา หั่นยา ครกตำยา ฯลฯ ก็ควรสะอาดด้วย แม้แต่ตัวเภสัชกรเองก็ล้างมือให้สะอาดเมื่อจะทำการปรุงยา นอกจากนี้เภสัชกรควรเป็นคนที่มีนิสัยละเอียด รอบคอบ ไม่เผลอเรอมักง่าย เช่นตำราบอกให้ปรุงมีตัวยา 20 สิ่งแต่ใส่เพียง 15 หรือ 16 สิ่ง โดยลืมตัวยาที่เหลือเหล่านั้นเสีย ซึ่งจัดว่าเป็นการเผอเรอ และตำราบอกให้บดละเอียดเป็นอณูสำหรับเป็นยานัตถ์ แก้ริดสีดวง เภสัชกรมักง่าย ขี้เกียจก็บดหยาบๆเวลาใช้ยา รักษาโรคก็ไม่เกิดผลและ มิหนำซ้ำเกิดโทษ แก่คนไข้ ดังนี้เป็นต้น
ปรุงยาให้ถูกต้อง ถูกหลักวิชาตามหลักของเภสัชกรรมวิธีปรุงยาตามตำรับแผนโบราณนั้นกำหนดไว้มี 28 วิธี การปรุงยานี้ควรที่จะค้นคว้าและพยายามศึกษาการปรงยาให้ได้มาตรฐาน ทันความเจริญของโลกเสมอ เป็นต้นว่าน่ารับประทาน สะดวกในการใช้รักษาโรค รูปแบบของภาชนะบรรจุเหล่านี้ เป็นต้น หรือได้ปรุงเสร็จเรียบร้อย ก็ควรเขียนชื่อยาไว้ บอกขนาดและวิธีใช้ ตลอดทั้งสรรพคุณว่ารักษาโรคอะไรปรุงเมื่อไร